承包人进行工程建设，发包人支相应的付价款而签订的合同，就是建设工程合同。承包人和发包人未能完全履行签订的建设工程合同时，就会产生合同纠纷，常见的建设工程合同纠纷有哪些问题呢？
一、建设工程施工合同纠纷诉讼主体的确定
建设工程施工合同纠纷案件当事人比较复杂。在处理该类案件中，较为常见的有以下六种情况：
1、因转包、违法分包合同发生纠纷，实际施工人只起诉承包人索要工程款的，应予准许，原则上不将发包人列为案件当事人。但承包人要求追加发包人为第三人并对其主张权利，而发包人对承包人又负有义务的，可以将发包人列为第三人；为了查明案件事实需要，法院也可以追加发包人为第三人；实际施工人直接以发包人为被告主张权利的，应予准许。
2、施工人挂靠其他建筑施工企业并以被挂靠单位名义签订建设工程施工合同，挂靠施工人或者被挂靠单位起诉发包人的，发包人可申请追加被挂靠单位或者挂靠施工人为第三人。发包人起诉挂靠施工人或者被挂靠单位的，可以追加被挂靠单位或挂靠施工人为共同被告。
3、转包、分包(包括违法分包)工程因工程质量引起的纠纷，如发包人只起诉承包人或者发包人只起诉实际施工人的，可依当事人的申请，将实际施工人或者承包人追加为共同被告。
4、承包人经发包人同意将工程转包的，属于合同转让即合同权利义务的概括转移。合同一经转让(转包)，承包人即退出承包合同关系，受让人(实际施工人)取得原合同当事人的法律地位，其起诉索要工程款，应当直接起诉发包人；与此相对应，发包人因工程质量问题应直接起诉实际施工人。
5、多个承包人联合共同承包的，因其均为承包合同的一方当事人，发包人提起诉讼的，承包各方应作为共同被告。
6、工程项目经理部不是适格的诉讼主体，应以设立该项目经理部的法人为诉讼主体。
二、建设工程施工合同效力的认定
《合同法》第五十二条规定了合同无效的五种情形，该条第(五)项规定了违反法律法规强制性规定的合同无效。但并非所有的强制性规范都是认定合同效力的依据，只有违反了效力性强行性规范的合同，因内容违反了社会公共利益和不特定第三人利益，才应认定为无效合同。过去我们一般是从条文使用的某个术语或者词语进行判断是管理性规范还是强行性规范，以此来认定合同的效力这是不准确的，实践中应当注意。关于建设工程施工合同的效力主要审查以下几类：
1、承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级承揽建设工程的合同无效。
2、没有资质得实际施工人使用有资质的建筑施工企业名义承揽工程的合同无效 。在这里要特别注意区分挂靠关系与建筑企业的内部承包关系。如两者之间有产权联系、有统一的财务管理、有严格而规范的人事任免和调动或聘用手续就可以认定为内部承包关系，而不认定为挂靠关系。反之，则为挂靠关系。
3、非法转包和违法分包的合同无效。
4、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的合同无效。
5、无取得土地使用权证、无取得建筑工程规划许可证、无办理报建手续的“三无”工程的施工合同应确认无效，但在审理期间已补办手续的，应确认合同有效。
6、承包人没有承揽建设工程的资质，但具有劳务分包资质的，其与总承包人、分包人签订的劳务分包合同有效。
7、垫资施工合同不作无效认定。当事人对垫资及垫资利息有约定的，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但其约定利息计算标准不得高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率。对垫资没有约定而实际存在垫资事实的，按照工程欠款处理，对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
三、工程价款优先受偿权的保护
《合同法》第286条对工程价款优先受偿权作了原则规定，最高人民法院《关于建设工程价款优先受偿权的批复》对优先受偿权的效力、限制、范围及期限作了较为具体的规定，为充分保护承包人的工程价款优先受偿权，还需要明确以下几个问题：
第一，优先受偿权的行使范围包括装饰装修工程，但不包括工程勘察和设计，但装饰装修工程的发包人不是该建筑物的所有人或者承包人与该建筑物的所有人之间没有合同关系的除外。
第二，优先受偿权担保的工程款范围，如是已竣工工程，为竣工结算价，未竣工工程则为以施工预算价为基础进行评估确定的工程价款，应当包括承包人的正常利润和为承包工程进行施工的垫资款，但不包括违约造成的损失。
第三，行使优先权的期限为六个月，此期限为除斥期间，优先受偿权的行使应以竣工之日或合同约定的竣工之日起算，而非竣工验收合格之日。
第四，优先受偿权的行使，不以建设工程是否竣工为限。
第五，优先受偿权的行使不受合同效力的影响。建设工程施工合同无效，但工程质量合格的，承包人可以依据《司法解释》第2条的规定主张工程款，故其当然享有工程价款优先受偿权。
第六，分包人或实际施工人有条件地享有优先受偿权。《司法解释》第26条第2款规定了分包人和实际施工人可以在发包人欠付工程款范围内向发包人请求支付工程款。由此可以推断出，只要分包人和实际施工人完成了其与总包人或转包人之间合同约定的施工义务且工程质量合格的，在总包人或转包人不主张或怠于主张工程价款优先受偿权的情况下，应允许分包人或实际施工人就其承建的工程部分在发包人欠付的工程款范围内向发包人主张工程价款优先受偿权。
第七，工程款债权转让后，受让人也应享有优先受偿权。
第八，不应作为工程价款优先受偿权标的的建设工程包括：消费者已交付全部或大部分购房款的商品房；被作为执行标的物并已执行完毕的建设工程；《合同法》颁布实施前，已办理抵押登记或已出售、预售的建设工程；学校、医院等公益性建设工程；党委、政府等机关单位的办公楼，道路、桥梁等公共设施；所有权已被法院生效法律文书确定转移的建设工程。