在工程建设中发包方与承包方会签订建设工程施工合同，来确保发包方和承包方的各自利益不受损害。但在近几年中，工程项目合同纠纷案件屡屡增多，如何解决工程项目合同纠纷，维护发包方和承包方的利益呢？
一、工程施工中容易出现的问题
1、施工合同的效力问题；
2、合同无效是否应进行结算；
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；
5、工程款结算采取何种标准的问题；
6、诉讼中，造价司法鉴定(司法审价)的范围；
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
在最高人民法院的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“司法解释”)出台前，这些争议问题，往往不同地区不同法院作出了不一样的认定。随着司法解释及相关批复的出台，在实践中统一了大家的认识，有不同意见的，也只能叫学理解释或“一家之说”，作为目前实务还应当遵循司法解释的规定才行。
二、工程合同无效的几种情形:
1、承包人未取得建筑施工单位资质或者超越资质等级。
2、没有资质或没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工单位名义的，通常说的“挂靠”。
3、必须招标的未进行招投标或中标无效。
4、违法分包。
5、转包。
三、出现工程纠纷时的合同依据：
施工方与建设方在备案合同之外，另行签订的施工合同(协议)等，在结算时，若该另行签订的合同(协议)与经过备案的中标合同的实质内容不一致的，应当以备案合同作为结算的依据。涉及建设工程施工合同当事人签订的所谓“黑白合同”问题，即备案中标合同(即白合同)与另行签订的“补充协议”或“施工合同”等形式的合同(即黑合同)对结算的约定不一致而产生争议如何处理。司法解释出台前，各地法院针对黑白合同在结算时如何认定存在争议，而目前实践中需执行该司法解释的规定。
四、解决工程款纠纷的原则：
1、按合同约定的计价标准或计价方法结算。尊重合同当事人的约定，充分体现了合同法中的意思自治原则。因工程量或质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订合同时当地建设主管行政部门发布的计价标准或计价方法结算，但施工合同有效而工程竣工验收不合格的，若经修复仍竣工验收不合格的，承包人请求支付工程款，法院不予支持。
2、施工合同无效，工程竣工验收合格，仍可以参照合同约定结算。
五、实践中，工程合同约定涉及的原则：
1、价格标准，约定采用定额，还是清单方法；
2、工程量核定及调整的约定，特别是各种变更情况下的工程量调整原则；
3、关于签证的原则，怎样才是有效的签证，其形式和内容的要件的约定，以及有效授权的要件，约定明确的管理流程。