工程合同一旦出现纠纷，就会出现解决难的问题，在实践中，分包转包的现象比比皆是。而且在工程合同纠纷问题上，对于律师的要求比较高。除了大量的建筑法律、法规之外，还涉及到非常专业的建筑工程施工问题。不熟悉建筑公司运行，不熟悉建筑施工，没有办理过大量的建筑工程合同纠纷案件的法官和律师是无法精确找到根本问题的。所以建筑工程合同纠纷往往会遇到以下难题。
第一，案件当事人众。
由于普遍存在的违法发包、分包、转包、挂靠等现象，工程层层转包，工程款层层盘剥，工程款恶意拖欠，工程款到了实际施工人手里经常就是寥寥无几，甚至他们根本不知道向谁主张权利。
第二，许多法官和律师不愿意办理此类案件，一是因为需要专业的知识;二是因为案情过于复杂，证据过于繁多。
法官为了方便自己，经常以鉴代审，遇到难题就扔给鉴定机构，要求鉴定机构对工程设计、施工、造价等鉴定，自己再根据鉴定的结果写判决书。司法中的工程鉴定费用非常高，而且耗时又长，还未必能得到原告满意的结果。对于原告来说，这些都是额外的成本。迟来的正义为非正义。
第三，赢了官司输了钱。
由于建筑工程合同纠纷相对复杂，耗时比较长，给了恶意方转移财产的机会。往往在诉讼过程中，被告已经先将财产转移。原告赢得诉讼申请法院强制执行后，发现被执行人根本没有任何财产可供执行。如果又不幸遇上法院怠于执行，胜诉的一方拿到的判决书等于空头支票，无任何实际意义。这严重的损耗了法律的公信力。
最主要是难题三，对此当事人要早做准备，避免出现执行难的问题，这就涉及到了向法院申请财产保全！
第一，向法院提供被申请人的财产线索，如银行账户、房产登记信息、车辆登记信息等等，一旦法院查实，就可以冻结上述对方的财产。如果对方是公司，建议向法院申请冻结对方公司的基本账户，一是因为基本账户作招投标用，里面有现金流;二是冻结基本账户往往会引起对方的信用度下降。这两点都是非常有效的。
第二个步骤是，在向法院提供保全对方的财产时，自己必须提供保全额度等值的担保。以四川为例，成都的法院接受银行保函、银行存单、经过评估的房屋，只是评估后的房屋会打一定的折扣，不接受担保公司的保函和车辆担保。其他的地级市法院接受担保公司的担保，但是还需要提供一部分财产。
如果原告一定要申请财产保全，但是又没有足额的财产怎么办呢?首先，申请人可以找自己的亲朋好友，亲朋好友自愿以自己的财产为申请人提供担保;其次可以和专业的担保公司合作，向担保公司支付一定的费用后，由担保公司以自己的财产为申请人提供担保。